Nhân Tổ đại vương có tên húy là Lý Tông (李倧; 이종), tên còn nhỏ là Thiên Dận (天胤), được sinh ra vào ngày 7 tháng 12 năm 1595 (tức là ngày 7 tháng 11 năm Ất Mùi), là con trai của Định Viễn quân Lý Phu (李琈) và là cháu nội của Triều Tiên Tuyên Tổ. Khi đó đang xảy ra Nhân Thần chi loạn (壬辰之亂), gia đình cha mẹ ông phải lánh đến Hoàng Hải đạo ở Hải Châu và ông được sinh ra tại đây.

Năm 1607, ông được phong làm Lăng Dương quân (绫阳君) nhưng không được sự ủng hộ của bất kỳ phe phái nào.

Năm 1608, Triều Tiên Tuyên Tổ thăng hà, Quang Hải Quân kế vị. Lúc ấy, triều đình chia thành nhiều phe phái khác nhau; trong đó phái Đông Nhân đứng đầu kể từ sau cuộc chiến tranh với Triều Tiên, chủ trương chống lại Nhật Bản. Nhưng sau đó, phái này lại bị chia rẽ làm hai những năm cuối thời Tuyên Tổ: Bắc Nhân muốn cải cách triệt để, trong khi phái Nam Nhân đồng ý với cải cách dần dần. Sau khi Tuyên Tổ qua đời, phái Bắc Nhân, phe giành quyền điều khiển triều đình lúc ấy được chia thành Đại Bắc Nhân và Tiểu Bắc Nhân. Khi Quang Hải Quân lên ngôi, phái Đại Bắc Nhân do ủng hộ nhà vua nên trở thành phe phái chủ chốt. Trong khi phái Tây Nhân chỉ là một nhóm nhỏ, không có ảnh hưởng gì. Tuy nhiên, những người của phái Tây Nhân vẫn nung nấu chờ cơ hội để nắm quyền.